Die Heppenheimer und Lorscher waren darüber einigermaßen empört, weil sie sich die zukünftige Kirche näher bei sich gewünscht hatten, so daßeinRückgang im Gottesdienstbesuch zu verzeichnen war. 1856 wurde die Kirchensteuer eingeführt. Und wieder ärgerten sich die Heppenheimer. Aus Protest gegen das neue Umlageverfahren besuchten sie den Gottesdienst im badischen Laudenbach. Der Ärger verflog, als sie aufgrund der neuen Finanzquelle bald einen eigenen Betsaal und eine eigene evangelische Schule erhielten.

Die Initiative zum Kirchbau ging dann von einem Premierleutnant namens Schragmüller aus. Der schenkte 1859 der Gemeinde ein Gußstahlgeläut. Die Glocken, die darin aufgehängt wurden, stehen heute auf dem südlichen Kirchplatz. Außerdem versprach der begüterte Mann, der Kirchengemeinde das nötige Kapital für den Kirchbau zu leihen, wenn sie sofort mit dem Bau begänne. Sogar einen genauen Terminvorschlag lieferte der Leutnant mit: Am 9. Juni, dem Geburtstag des Großherzogs, sollte der Grundstein gelegt werden. Und so geschah es. Bis in den Oktober 1860 gingen die Arbeiten gut voran. Am 14. Oktober aber stürzte das auf vier Bögen ruhende Gewölbe ein. Die Sakristei wurde zertrümmert, einige Mauern rissen bis zum Sockel. Man hatte sich offenbar in der Statik der Kuppel verrechnet. Für die Kirchengemeinde war dies ein harter Schlag. Noch Jahrzehnte danach war sie mit der Tilgung der Schulden belastet. Der damalige Kreisbaumeister arbeitete einen einfacheren Plan aus, nach dem unter Verwendung der alten Gemäuer die Kirche fertiggebaut wurde. So kam es, daß erst im November 1863 der Bau eingeweiht wurde.

Im Lauf der Zeit zeigte der Putz Risse. Kerzenruß und Umluftheizung bildeten Schatten entlang der Risse, die ehedem weiße Farbe wurde grau und fleckig. Darum beschloß der Kirchenvorstand 1994 eine erneute Renovierung der Kirche. Nach den großen Veränderungen bei der letzten Renovierung ging es diesmal vor allem um die Behebung der Putzschäden und die farbliche Neugestaltung der Kirche. Der Kirchenvorstand entschied frühzeitig, unterschiedliche Bauteile farblich gegeneinander abzusetzen. Der Architekt Heinz Frassine erhielt den Auftrag, die Innenrenovierung der Kirche zu übernehmen und ein Farbkonzept zu erarbeiten.

Im April 1996 erteilte die Kirchenverwaltung die Baugenehmigung für die Innenrenovierung. Am 5. August begann die Darmstädter Malerfirma Zimmermann mit den Arbeiten in der Kirche. Etwa 10 Prozent des Putzes mußte abgeschlagen werden, weil er schadhaft geworden war. Die übrigen Wandflächen wurden mit einem Sandstrahlsystem vorsichtig gereinigt. Anschließend wurden die Wände mit zwei neuen Putzschichten überzogen. Um zukünftige Rißbildungen zu verhindern, wurde in die erste Putzschicht ein Gewebe eingebettet.

Anschließend wurden die Wände in einem gebrochenen Weißton gestrichen, Säulen, Pfeiler und Bögen in einem sandsteinfarbigen Gelbton angelegt. Die Deckenbalken wurden in alter Technik maseriert, und die zwischen den Balken liegenden Gefache frisch geweißt und mit einem blauen Begleitstrich versehen, wie man es auch an alten Putzteilen der Decke noch sehen konnte. Die Kanten der Balken wurden in Goldbronze abgesetzt. Entsprechend wurden die Emporenbrüstungen behandelt. Die Kapitelle sind nach dem ursprünglichen Befund farbig angelegt worden. Die Blumenornamente sind mit Blattgold verziert, warme Blau- und Rottöne setzen die verschiedenen Muster voneinander ab. Im Chorraum wird diese Farbpalette durch einen Grünton ergänzt.

Der Schlußstein im Chorgewölbe ist mit vergoldeten Sonnenstrahlen, die über blauem Grund aufleuchten, besonders prächtig verziert, und die auf ihn zulaufenden Rippen sind mit einem vergoldeten Blattfries auf rotem Grund hervorgehoben. Die wenig anschauliche Holzverkleidung unter der Seitenempore wurde an die sehr viel schönere der Orgelempore angepaßt.

Alle Holzteile sind in einem hellen Grauton gestrichen, davon abgesetzt sind die naturbelassenen Eichenhölzer im Altarraum und den Eingangstüren. Der Taufstein ist näher an die Altarstufen herangerückt, um augenfällig zu machen, daß die Taufe ins Zentrum des Gottesdienstes gehört. Auch die Sakristei wurde neu hergerichtet: der Boden mit hellgrauen Kacheln neu gefließt, die Wände frisch geweißt und die Kapitelle farbig gestaltet. Der Schalldeckel der Kanzel ist nun mit einem Blattgoldornament hervorgehoben. Auch die Rundbögen an der Kanzel selbst sind mit Goldbronze abgesetzt. Die Renovierung bot auch die Möglichkeit, durch die Installation einer Induktionsschleife um das Hauptschiff herum den Schwerhörigen eine neue Hörhilfe zu geben.

Die erste Orgel der Michaelskirche kam aus Schwanheim. Die kleine evangelische Gemeinde in Bensheim erhielt 1863, als die Michaelskirche erbaut wurde, willkommene Unterstützung von der sehr viel wohlhabenderen und größeren Schwanheimer Nachbargemeinde. Vermutlich haben die Schwanheimer ihr Instrument nicht ganz ungern verschenkt.

Denn schon 1871 mußte unsere Kirchengemeinde eine neue Orgel kaufen, weil die Mängel der alten zu groß wurden. Bis 1946 hat diese Orgel ihren Dienst getan. Sie wurde übrigens aus dem Erlös eines Basars finanziert. Was muß das für ein Basar gewesen sein! Denn billig waren Orgeln noch nie. 1946 baute die Fa. Gebrüder Link ein neues Werk. 20 Jahre später genügte es den Ansprüchen der sich sehr ausweitenden kirchenmusikalischen Arbeit unter Kantor Armin Schoof nicht mehr. So wich 1965 dieses Instrument einem neuen, größeren, gebaut von der Fa. Bosch, Sandershausen. 1998 wurde diese Orgel von der Bensheimer Orgelbauwerkstatt Andreas Ott renoviert und um ein drittes Werk von 22 auf 36 Register erweitert.